Die Ziele des Berufsverbandes Medizinischer Informatiker sind alle berufspolitischen Fragen der auf dem Gebiet der Medizinischen Informatik (Medizin-Informatik) Tätigen zu behandeln und alle gemeinsamen und berufsständischen Belange der Medizinischen Informatiker zu wahren, zu fördern und zu vertreten. Der Berufsverband hat die Aufgabe, die berufliche Fort- und Weiterbildung in der Medizinischen Informatik zu fördern und die Mitglieder für die Erfüllung ihrer Aufgaben zu unterstützen.

Insbesondere gilt das Augenmerk der Förderung und Weiterbildung zur Erlangung des Zertifikats „Medizinischer Informatiker“- vergeben durch die „Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V.“ (GMDS) und die „Gesellschaft für Informatik e.V.“ (GI). Der Berufsverband unterhält Kontakte zu anderen Berufsverbänden, insbesondere zum Deutschen Verband Medizinischer Dokumentare e.V. (DVMD).